SYSTOLIC ARCHITECTURES FOR SEQUENCE ALIGNMENT OPERATIONS

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çukurova Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2008

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: Çağlar Yılmaz

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): MUSTAFA GÖK

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada, biyoinfomatik biliminin temel işlemlerinden biri olan sıra hizalama işlemlerini çalıştırmaya yönelik, yeni ve optimize edilmiş algoritmalar ve bu algoritmaları temel alan uygulamaya yönelik işlemciler tasarlanmıştır. Bu çalışmada, ikili ve çoklu sıra hizalama işlemlerini gerçekleştirmeye yönelik sistolik donanımlar geliştirilmiştir. Önerdiğimiz tasarım yöntemleri, ASIC ve FPGA platformlarında gerçekleştirilen tasarımların alan ve zamanlarını yüzde yüzü aşan oranlarda geliştirmiştir. Bu çalışmada yer alan tasarımlar, FPGA üzerinde gerçeklendiğinde %189,92'ye kadar bir performans artışı sağlamıştır. Böylelikle biyoinformatik araştırmaları yapan diğer dallara daha büyük verileri daha kısa zaman dilimlerinde analiz etme imkanı sağlanmıştır.Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, sistolik mimariler, uygulamaya özel işlemciler, FPGA'ler, Smith-Waterman algoritması