Turunçgillerde Nüseller Embriyoni Mekanizmasında Etkin Olan Genlerin Moleküler Yöntemler ile Araştırılması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çukurova Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bahçe Bitkileri, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2016
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Özhan ŞİMŞEK
Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): YILDIZ AKA KAÇAR
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Turunçgil ıslahçıları nüseller embriyoni özelliğinden dolayı bazı genotiplerin gerçek gücünü ve/veya özelliklerini melezleme sonucunda oluşan bireylere aktaramamaktadır. Öte yandan fidancılar için nüseller embriyoni özelliği, tohumdan direkt olarak klonal çoğaltım konusunda büyük avantajlar sağlamaktadır. Bu tez çalışmasının amacı turunçgillerde nüseller embriyoni mekanizması ile ilişkili genlerin belirlenmesidir. Çalışmada bitkisel materyal olarak %99 apomiktik tohumlar üreten 'Orlando tangelo' ve monoembriyonik bir çeşit olan 'Klemantin mandarini' kullanılmıştır. İlk olarak 'Orlando tangelo' genotipinde nüseller embriyo başlangıç hücrelerinin hangi dönemde farklılaşmaya başladığı histolojik analizler ile belirlenmiştir. Histolojik analizler sonucunda nüseller embriyo başlangıç hücrelerinin antezisi takip eden üçüncü günde farklılaşmaya başladığı tespit edilmiştir. RNA-Seq analizleri Illumina HiSeqTM 2000 ile gerçekleştirilmiş ve dizilerde kalite kontrol testleri yapılmıştır. Çalışmada referans genom olarak Citrus clementina kullanılmıştır. Daha sonra örnekler arasında farklı seviyelerde ifade olan genler belirlenmiş ve bu genlere dayalı olarak gen ontolojisi (GO) analizleri gerçekleştirilmiştir. Orlando tangelo balon- Orlando tangelo 3. gün örneklerinde 2359 (1996 up regüle, 363 down regüle) ve Klemantin mandarini 3. gün-Orlando tangelo 3. gün örneklerinde ise 123 (1372 up regüle, 751 down regüle) farklı ifade olan gen (DEGs) belirlenmiştir. Bu veri seti, nüseller embriyoni mekanizması için turunçgil transkriptom değişiklikleri ile ilişkili değerli bilgiler sağlamış olup, poliembriyoni için önemli olan genlerin tanımlanması ve fonksiyonel analizleri için gelecekteki çalışmalara kılavuz olabilecektir.