Investigation of occurence of autotransporter genes in Escherichia coli isolated from clinical and food sources and identification of phylogenetic relationship of E.coli strains by using  pfge method

MARIAM HASSAN MOHAMMED

Investigation of occurence of autotransporter genes in Escherichia coli isolated from clinical and food sources and identification of phylogenetic relationship of E.coli strains by using pfge method

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çukurova Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2018

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: MARIAM HASSAN MOHAMMED

Danışman: Işıl Var

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Ototransporter sistemler, bakterilerde patojeniteden sorumlu en önemli hücre elemenlarından birisi olup, sıklıkla farklı bakterilerden mobil genetik elemanlar olarak transfer edilirler ve konak hücrenın yeni virülans genlerini transfer edebilmesine imkân sağlarlar. Bu çalışma, E.coli suşlarına gerek metabolik faliyetlere katılan gerekse konak savunma sistemlerine karşı bakterinin korunmasında rol olan ototransporter genlerinin varlığı, dağılımı ve virülanspotensiyel katkılarınıortaya çıkartma amacı ile planlanmıştır. Böylece ototransporter genlerinin, E.coli suşlarının süreveyansındaki önemi ve gıdaların UPEC gibi ExIEC suşlarının insanlar arasında dağılımında rezervuar veya portör rollerinin olup olmadığıda sorgulanmıştır. Çalışmada intestinal sistem dışı klinik örneklerden izole edilmiş altmış beş ve gida örneklerindenizole edilmiş otuz beş E.coli suşu olmak üzere toplam 100 E.coli izolatıörnek olarak kullanılmıştır. PCR yöntemi ile yapılan bu genlerin prevalansı;Agn43 için %15,Tsh için % 1, UpaC için %6 ve UpaJ icin %8 olarak tespit edilmiştir. Buna karşılık Sat, Vat ve UpaB genlerine ait hedef gendizilerinin varlığı gösterilememiştir. E.colisuşları arasındaki genotipik ilişkinin gösterilmesi için PFGE metodu kullanılmıştır. İnsan ve gıda kaynaklı 89 izolatın 6'sında (%6. 8) klonal anlamlı bir ilişki bulunmadığı görülmüştür. Sonuç olarak klinik örneklerden izole edilen E.coli suşlarının gıda örneklerinden elde edilen suşlara göre daha yüksek prevalansa sahip olduğu belirlenmiştir. Bununla birlikte bazı ototransporterlerin. E.coli suşlarının çeşitliliği arasındaki spesifik dağılımı henüz belirlenmemiştir. Ototransporterin virülans faktörü ile olan ilişkisini tanımlamak ve anlamak için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.