Investigation of the occurrence of siderophore genes in E. coli isolated from foodborne and clinical samples and identification of genotypic relationship of Escherichia coli by using PFGE method

OSMAN ALBARRI

Investigation of the occurrence of siderophore genes in E. coli isolated from foodborne and clinical samples and identification of genotypic relationship of Escherichia coli by using PFGE method

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çukurova Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2018

Tezin Dili: İngilizce

Öğrenci: OSMAN ALBARRI

Danışman: Işıl Var

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Demir, konak hücrelerinde ve dış ortamda Escherichia coli büyümesi ve hayatta kalması için gereklidir, ancak ferrik formunun sulu ortamlarda zayıf çözünürlüğü ve konakta demir tutan proteinlerin varlığına bağlı olarak kullanılabilirliği genellikle düşüktür. Çoğu E. coli, Fe3+ 'ya karşı güçlü bir afiniteye sahip olan enterobactin gibi sideroforları oluşturarak demir erişimini artırabilir. İzolatların daha küçük bir kısmı, patogenezle bağlantılı olarak 3 ek siderofor oluşturabilir; Bunlar aerobaktin, salmochelin ve yersiniabaktindir. Bu çalışmada, klinik ve gıda örneklerinden izole edilen E.coli suşlarında siderofor genlerinin varlığını araştırılmış ve Escherichia coli suşlarının genotipik ilişkisi incelemiştir. Çalışmamızda, klinik örneklerden izole edilmiş altmış beş E. coli suşundan gıda örneklerinden izole edilen 35 E.coli suşu kullanılmıştır. E.coli suşlarında Sideroforla ilişkili genlerin prevalansı, enterobaktin reseptörü (Fep A),% 18; Enterobactin biyosentezi (Ent A),% 18; yersiniabactin reseptörü (Fyu A),% 17; heme reseptörü (Chu A)% 16; aerobaktin reseptörü (iut A),% 12; aerobaktin biyosentez (iuc A),% 15; ve salmochelin reseptörü (iro N),% 3 ve demir cevabı veren element (ire A),% 1 olarak PCR yöntemi ile belirlendi. E.coli suşları arasındaki genotipik ilişki PFGE metodu kullanılarak incelenmiş ve PFGE analizinin değerlendirilmesinde, insan ve gıda kaynaklı izolatların 89 izolatından 6'sının (% 6.8) klonal bir ilişki sergilediğini, diğerleri arasında anlamlı bir ilişki bulunmadığını göstermiştir. Sonuç: Sonuçlarımız klinik örneklerden izole edilen E.coli suşlarının gıda örneklerinden elde edilen suşlara göre daha yüksek prevalansa sahip olduğununu; Sideroforla ilişkili genlerin, E.coli klinik suşlarının büyümesi, hayatta kalması ve demir sınırlayıcı çevreye adaptasyonu için ana faktörlerden olduğunu göstermiştir.