Erişkin ağır astım hastalarında mononükleer hücrelerin proteomik profillerinin belirlenmesi ve tedavi duyarlılığı ile ilişkisi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çukurova Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: BENGÜ ÇÜRÜK GÜRBÜZ
Danışman: Yasemin Saygideğer
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Erişkin ağır astım hastalarında biyolojik tedaviler giderek önem kazanmakta ancak günümüzde oldukça pahalı olan bu tedavilere bazı hastalarda beklenen yanıt alınamamaktadır. Biyolojik tedavilere duyarlılığı veya direnci öngörebilecek bir belirteç hem hasta hem de ülke ekonomisi açısından büyük önem taşımaktadır. Bu araştırmada hastaların tedaviye yanıtını tedavi başlamadan önce belirleyebilecek proteinlerin keşfedilmesi amaçlanmıştır. Çukurova Üniversitesi Balcalı Hastanesi Göğüs Hastalıkları polikliniğine Kasım 2022- Kasım 2023 tarihleri arasında başvuran ve ağır astım tanısı alarak biyolojik ajan tedavisi başlanması planlanan ve araştırmaya katılmayı kabul eden hastalardan, tedavi başlanmadan önce proteomik analiz yapılmak üzere EDTA'lı tüplere 10 cc kan örneği alındı. Ficoll solüsyonu kullanılarak kan örneklerinden mononükleer hücre izolasyonu yapıldı. Mononükleer hücrelerden protein izole edildi. Elde edilen protein örnekleri ticari kit kullanılarak peptidlerine ayrıştırıldı ve LC-MS/MS ile proteomik analizleri yapıldı. Ardından ham proteomik verileri MaxQuant programı ile analiz edildi. Analiz sonucu elde edilen proteinler Perseus programı ile hangi biyolojik yolağa ait oldukları ve KEGG numaraları belirlenmiştir. Ardından STRING veri tabanından etkileşimleri incelenmiştir. Araştırmaya 18 ile 65 yaş aralığında 3 erkek 17 kadın toplam 20 ağır astım hastası alınmış olup hastaların 14'üne mepolizumab, 6'sına omalizumab başlanmıştır. Tedaviye başlanırken ve tedavinin 1. Yılında hastalar tekrar değerlendirilmiş ve tedaviye dirençli 3 ve duyarlı 5 hasta ile proteomik analizler yapılmıştır. Proteomik analizlerde 8 hastada toplam 2033 protein tespit edilmiştir. Tespit edilen proteinlerden 11 tanesi anlamlı farklılık göstermiştir. FHL1, GLUD1; GLUD2, RPL13, IMMT, DAAM1 genlerinin kodladığı proteinler tedaviye dirençli hastalarda, HLA-A, ACTB, USP14, DAZAP1, MYO1F,TUBB4B;TUBB4A ise duyarlı hastalarda, anlamlı artış göstermiştir. İfadesi değişen tüm proteinler STRING ve Reactome veri tabanından değerlendirildiğinde 39 farklı yolağı etkileme potansiyeli olduğu görülmüştür. Tespit edilen proteinlerin birçoğunun edinsel ve kalıtsal immün sistemde rol aldığı dikkati çekmektedir. İfadesi değişen proteinlerden birbiri ile en çok ilişkilendirilenler literatürden incelendiğinde FHL1, ANXA2, VAMP8, ACTB, MMP9, NME1, NME2 proteinlerinin biyobelirteç olarak kullanılabileceği öngörülmektedir. FHL1 ve ANXA2'nin düz kas hipertrofisi ve remodellingi ön görebileceği, VAMP8'in goblet hiperplazisi yaparak sekresyon miktarını arttırarak hastalık seyrini değiştireceği düşünülmüştür. Araştırmada keşfedilen proteinler kapsamlı tarama çalışmaları ileduyarlılık ve özgüllüklerinin belirlenmesi sonrasında biyobelirteç olarak kullanılabilme potansiyeli taşımaktadır. Anahtar Kelimeler: Astım, ağır astım, Biyolojik tedaviler, Proteomik, biyobelirteç keşfi