Gıda örneklerinde norovirüs ve rotavirüslerin moleküler ve serolojik yöntemler ile saptanması karakterizasyonu ve virüsler üzerine dezenfektanların etkilerinin belirlenmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çukurova Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi, Gıda Mühendisliği, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: ÇAĞRI ÇELİK
Danışman: Işıl Var
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Gda kaynaklı gastroenterit salgınlarının genellikle bakteriyel kaynaklı olduğu düşünülse de, bu salgınların %67'sinin virüslerden kaynaklandığı bildirilmektedir. Bu amaçla bu çalışmada Adana/Türkiye'den alınan çeşitli gıdalarda norovirüs (NV) ve rotavirüs (RV) riski değerlendirilmiştir. Sistematik Derleme ile potasiyel kontamine gıdalar belirlenmiş ve bu belirlenen gıdalarda hem serolojik hem de moleküler yöntemlerle NV ve RV varlığı araştırılmıştır. Serolojik yöntem olarak immünokromatografik hızlı test kasetleri, moleküler yöntem olarak ise RT-PCR tercih edilmiştir. Bunun yanı sıra çöktürme işlemi işlemi ile ve proteinaz K enzimi kullanılarak virüs saflaştırma yapılmıştır. Çalışmadaki metotların performansını belirlemek için, 10 üzeri 9 NV ve RV genom kopya/ml inoküle edilmiş marul örnekleri ile geri kazanım işlemi gerçekleştirilmiştir. Ayrıca NV ve RV ile kontamine edilmiş çeşitli yüzeylere farklı dezenfektanlar uygulanarak bu virüslere karşı antimikrobiyal aktivite değerlendirilmiştir. Yapılan çalışmada tekerrürleriyle birlikte 7 gıda grubundaki gıdalardan toplamda 120 gıda örneği kullanılmıştır. Bu 120 gıda örneği arasında marul, salatalık, dereotu, nane, ıspanak, maydanoz, yeşil soğan, kırmızı biber, turp, semizotu, domates, havuç, mevsimlik salata, soğan salatası, ezme salata, pişmiş soğan, kıyma, tavuk göğsü, tavuk budu, çiğ balık, taze çilek, dondurulmuş çilek, taze böğürtlen, dondurulmuş böğürtlen, musluk suyu, bici-bici, havuç suyu, portakal suyu, donmuş ıspanak, donmuş mısır, donmuş bezelye, donmuş kırmızı fasulye, çiğ süt, peynir, tereyağı, yoğurt, ekmek, simit, poğaça ve pide bulunmaktadır. Çalışma sonucunda her iki metot ile bu gıda örneklerinde NV ve RV'ye rastlanmamıştır. Fakat metotların performansının gıdalarda yüksek virüs yoğunluklarında etkili oldukları belirlenmiştir. Marul örneklerine inoküle edilen yüksek yoğunluktaki NV ve RV'ün saptanmasında ilk 48 saat içinde virüsler belirlenebilmiş, fakat 48 saat sonra kullanılan yöntemlerinin etkin olmadığı gözlenmiştir. Çeşitli gıdalarda düşük virüs yoğunluklu NV ve RV'nin tanı yöntemlerinden RT-PCR ve immünokromatografik hızlı test kasetleri ile saptanamayacağı görülmüştür. Bu durumun gdaların protein, yağ ve karbonhidrat oranları açısından farklılık göstererek karmaşık matriks yapılarına sahip olmaları ve süreç içerisinde virüslerin çeşitli şekillerde bu yapılara bağlanmasından kaynaklandığı düşünülmüştür. Son yıllarda, gıda kaynaklı gastroenterit salgınlarının artmasıyla birlikte, virüslere karşı kullanılan dezenfektanların etkinliği sorgulanmaya başlanmıştır. Yaptığımız çalışmada marul, cam tabak ve plastik eldivene aşılanmış NV ve RV üzerine uygulanan dezenfektanların antimikrobiyel etkisine bakıldığında; etken madde oranı %10 sodyum hipoklorit ve %1 sodyum hipoklorit olan dezenfektanlar antimikrobiyel etki gösterirken, %0.0015 hipokloröz, %1 metilizotiazolinon içeren deterjan ve %65 etil alkol içeren dezenfektanların virüsler üzerine herhangi bir etkisi gözlenmemiştir. Ev ve işletmelerde kullanılan bu dezenfektanların firmaların önerdiği oranlarda kullanılmasına rağmen NV ve RV üzerine antimikrobiyel etkisinin olmaması bu ürünlerin geliştirilmesi ya da bu amaçla kullanılmaması gerektiğini göstermiştir.