Mersin bitkisinde (Myrtus communis L.) yeni nesil dizileme teknolojisi kullanılarak transkriptom analizi ve SSR markırlarının geliştirilmesi

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çukurova Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2019

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ÖZLEM ŞİMŞEK

Danışman: Yıldız Aka Kaçar

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Mersin (Myrtus communis L.) Myrtaceae familyasına ait olan tıbbi aromatik açıdan önemli olan bir türdür. Mersin yaygın olarak parfüm, baharat ve tıbbi endüstride kullanılmakta, meyvesi taze olarak tüketilmektedir. RNA-Seq tekniği son zamanlarda geliştirilen ileri düzey transkriptom analiz tekniğidir. SSR markırlarının tespiti ve geliştirilmesi için son yıllarda sıklıkla yeni nesil dizileme teknolojilerinden faydalanılmaktadır. Bu çalışmada, mersin bitkisinde Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri kullanılarak SSR markırlarının geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla bir siyah meyveli ve bir beyaz meyveli olmak üzere iki mersin genotipinde Illumina HiSeq 2000 Sequencing cihazı kullanılarak RNA sekanslama çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Örneklerde 111.000'in üzerinde transkript elde edilmiştir. Transkriptlerin toplam uzunluğu 79.141.165-93.880.054 arasında değişmiştir. Örneklerde tespit edilen unigenlerin sayısı ise 68.476-79.802 olarak belirlenmiştir. RNA-Seq analizleri sonucunda, iki farklı mersin genotipinde gerçekleştirilen de novo analizleri ile genom üzerinde tekrar eden bölgeler tespit edilmiştir. Yapılan analizler sonucunda, en yüksek tekrar motifinin 12.885 dinükleotid olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca 12-11776 arasında değişen sayıda farklı tekrar motifleri ortaya çıkarılmıştır. Belirlenen bu tekrar motiflerini çoğaltacak uygun SSR primerleri tasarlanmıştır. Tez çalışması sonucunda 10.000 üzerinde SSR primeri geliştirilmiştir.