Amaç: İnsanlarda mitokondriyal DNA (mtDNA) analizi, yük- sek stabilitesi ve hücre başına çok sayıda genom kopyası içermesi ne- deniyle yüksek oranda bozunmu ş iskelet kal ıntılarının adli amaçl ı kimliklendirilmesinde güçlü bir araç olmuştur. Bu çalışmada, ileri de- recede bozunmuş iskelet kalıntılarında kısa mtDNA parçaların çoğal- tılması ve dizi analizi amac ıyla midi ve mini multipleks polimeraz zincir reaksiyonu [polymerase chain reaction (PCR)] setleri tasarlan- mıştır. Gereç ve Yöntemler: Tasarlanan midi ve mini multipleks PCR setlerinin etkinliğini araştırmak amacıyla toprak altında kalma süreleri 3-68 yıl arasında değişen ve yaşları 22-93 arasında olan toplam 14 ki- şiye ait diş veya femur kemiğine ait DNA örnekleri kullanılmıştır. Si- lika temelli DNA ekstraksiyon yöntemi ile 1 gr kemik tozundan izole edilen DNA örneklerinde çeşitli uzunluklarda amplikon üretilebilecek 2 ayrı multipleks PCR seti hazırlanmıştır. Multipleks PCR için seçilen primer setlerinden biri mtDNA’nın ortalama 250 bp uzunluğunda frag- manların amplifikasyonuna izin veren 2 multipleks reaksiyondan olu- şan midi primer seti; diğeri ise daha ileri seviyede degrade örneklerde kullanılabilecek olan 100-150 bp uzunlukta fragmanlar ın amplifikas- yonuna olanak tanıyan mini primer setidir ki, o da 3 multipleks reaksi- yondan olu şmaktadır. Bulgular: Mini primer seti ile 68 y ıla kadar iskelet kalıntılarında başarılı sonuçlar alınırken, midipleks set ile 45 yıla kadar olan iskelet kalıntılarında başarılı sonuçlar alınmıştır. Sonuç: Multipleks setler ile analiz için kullanılan genomik DNA miktarı azal- dığından örnek kaybı en aza inmektedir. Ayrıca kullanılan malzeme ve iş gücü dikkate alındığında, multipleks setlerle hem iş gücü hem de ma- liyet önemli ölçüde azalmaktad ır. Bu primer setleri, ba şta iskelet ka- lıntıları olmak üzere ileri derecede bozunmu ş DNA örneklerinde kullanılabilecektir.
Objective: The analysis of mitochondrial DNA (mtDNA) in humans has been a powerful tool in the identification of highly decomposed skeletal remains for forensic identification due to its high stability and the large number of genome copies per cell. In this study, multiplex polymerase chain reaction (PCR) sets were designed with midi and mini primers for amplification and sequence analysis of very short mtDNA fragments to perform sequence analysis of the mtDNA control region in highly degraded skeletal remains. Material and Methods: In order to investigate the effectiveness of the designed midi and mini multiplex PCR sets, DNA samples of teeth or femur bones belonging to a total of 14 people aged between 22-93 and whose duration of underground residence varied between 3-68 years, were used. Two separate multiplex PCR sets were prepared to produce am- plicons of various lengthsin DNA samples isolated from 1 g of bone powder by silica-based DNA extraction method. One of the primer sets selected for multiplex PCR is the midi primer set consisting of 2 mul- tiplex reactions, which allows the amplification of mtDNA fragments with an average length of 250 bp; The other one is a mini primer set that allows the amplification of 100-150 bp long fragments that can be used in more advanced degraded samples, and it consists of 3 multiplex re- actions. Results: While successful results were obtained on skeletal re- mains up to 68 years old with the mini primer set, successful results were obtained on skeletal remains up to 45 years old with the midiplex set. Conclusion: With multiplex sets, sample loss is minimized as the amount of genomic DNA used for analysis is reduced. In addition, con- sidering the material and labour used, both labour and cost are signifi- cantly reduced with multiplex sets. These primer sets can be used in highly degraded DNA samples, especially skeletal remains.
