Akademik Veri Yönetim Sistemi
7. INTERNATIONAL DİCLE SCIENTIFIC RESEARCH AND INNOVATION CONGRESS, Diyarbakır, Türkiye, 26 - 27 Ekim 2024, ss.270-274
Genom çapında ilişki çalışmalar (GWAS) geniş bir
varyasyona sahip çok sayıda bireyin yüksek yoğunluklu genotiplemesini
gerektirir. Ancak XP-GWAS ise klasik GWAS’dan farklı olarak çok sayıda bireyi
genotiplemeye ihtiyaç duymadan GWAS yapmanızı sağlayan bir yöntemdir. XP-GWAS
(zıt fenotipli GWAS), geniş bir populasyon içindeki zıt fenotipli bireylerden
oluşan DNA havuzlarını kullanır. Bu havuzlardaki allel frekanslarını
hesaplayarak SNP ve InDel gibi genetik lokusları tespit ederek ve özellikler
arasındaki ilişkileri bulmaya yardımcı olur. XP-GWAS'ın gücü, sekanslama
derinliğini artırılarak, daha geniş bir örnek sayısına sahip havuzlarda
yapılması mümkündür. Ancak daha doğru fenotipleme yaparak geliştirilebilse de
XP-GWAS'ın geleneksel GWAS'tan daha iyi performansa sahip olmadığı anlaşılmıştır.
Bunun nedeni DNA havuzlarının çok geniş ve farklı bir genetik evrimsel tarihçeye
sahip olmalarıdır. Ancak, bu dezavantaj XP-GWAS için geleneksel GWAS'a kıyasla
genotipleme maliyetlerindeki farkla dengelenir. Ancak XP-GWAS için daha önce
genotiplenmiş geniş bir varyasyona sahip populasyonlar için değildir. XP-GWAS
daha çok minör ve karmaşık olmayan genomik yapıya sahip türler için uygun olabilir.
XP-GWAS, yabani bitki türlerinin atalarının tespiti veya ekolojik açıdan önemli
diğer bitki türlerinde kantitatif özelliklerle bağlantılı genleri veya allelleri
bulmak için yararlı olabilir.