EXTREME-PHENOTYPE GENOME-WIDE ASSOCIATION STUDY (XP-GWAS)


Karcı H.

7. INTERNATIONAL DİCLE SCIENTIFIC RESEARCH AND INNOVATION CONGRESS, Diyarbakır, Turkey, 26 - 27 October 2024, pp.270-274

  • Publication Type: Conference Paper / Full Text
  • City: Diyarbakır
  • Country: Turkey
  • Page Numbers: pp.270-274
  • Çukurova University Affiliated: Yes

Abstract

Genom çapında ilişki çalışmalar (GWAS) geniş bir varyasyona sahip çok sayıda bireyin yüksek yoğunluklu genotiplemesini gerektirir. Ancak XP-GWAS ise klasik GWAS’dan farklı olarak çok sayıda bireyi genotiplemeye ihtiyaç duymadan GWAS yapmanızı sağlayan bir yöntemdir. XP-GWAS (zıt fenotipli GWAS), geniş bir populasyon içindeki zıt fenotipli bireylerden oluşan DNA havuzlarını kullanır. Bu havuzlardaki allel frekanslarını hesaplayarak SNP ve InDel gibi genetik lokusları tespit ederek ve özellikler arasındaki ilişkileri bulmaya yardımcı olur. XP-GWAS'ın gücü, sekanslama derinliğini artırılarak, daha geniş bir örnek sayısına sahip havuzlarda yapılması mümkündür. Ancak daha doğru fenotipleme yaparak geliştirilebilse de XP-GWAS'ın geleneksel GWAS'tan daha iyi performansa sahip olmadığı anlaşılmıştır. Bunun nedeni DNA havuzlarının çok geniş ve farklı bir genetik evrimsel tarihçeye sahip olmalarıdır. Ancak, bu dezavantaj XP-GWAS için geleneksel GWAS'a kıyasla genotipleme maliyetlerindeki farkla dengelenir. Ancak XP-GWAS için daha önce genotiplenmiş geniş bir varyasyona sahip populasyonlar için değildir. XP-GWAS daha çok minör ve karmaşık olmayan genomik yapıya sahip türler için uygun olabilir. XP-GWAS, yabani bitki türlerinin atalarının tespiti veya ekolojik açıdan önemli diğer bitki türlerinde kantitatif özelliklerle bağlantılı genleri veya allelleri bulmak için yararlı olabilir.