The first observation of two alpha globin mutations in Turkey: Hb Stanleyville II and a homozygous 5nt deletion


Creative Commons License

Guzelgul F., Yalin A. E. , Aksoy K.

TURKISH JOURNAL OF BIOCHEMISTRY-TURK BIYOKIMYA DERGISI, cilt.39, ss.523-528, 2014 (SCI İndekslerine Giren Dergi) identifier identifier

  • Cilt numarası: 39 Konu: 4
  • Basım Tarihi: 2014
  • Doi Numarası: 10.5505/tjb.2014.31967
  • Dergi Adı: TURKISH JOURNAL OF BIOCHEMISTRY-TURK BIYOKIMYA DERGISI
  • Sayfa Sayıları: ss.523-528

Özet

Amaç: Bu çalışmada hemoglobinopati sıklığının yüksek olduğu Çukurova Bölgesinde geleneksel yöntemlerle belirlenemeyen mutasyonların, DNA Dizi Analizi ile belirlenerek doğum öncesi tanıya katkıda bulunulması hedeflenmiştir.
Metod: Çukurova Üniversitesi Doğum Öncesi Tanı Merkezine başvuruda bulunan iki ailenin bireylerinden alınan kan örneklerinin hematolojik verileri incelenmiştir. Hemoglobin tiplendirilmesi selüloz asetat kağıdı elektroforezi ve HPLC ile yapılmıştır. Olguların DNA’ları otomatik DNA izolasyon cihazı ile elde edilmiştir. Hemoglobin mutasyonlarının belirlenmesinde Mikroarray,RFLP, ARMS ve Gap-PCR moleküler yöntemleri kullanılmıştır. Geleneksel yöntemlerle belirlenemeyen mutasyonların tiplendirilmesi DNA Dizi Analizi yöntemiyle belirlenmiştir.
Bulgular: Rutin mutasyon analizi için başvuruda bulunan bir olguda Türkiye’de ilk kez gözlenen α-globin genindeki 5nt delesyonun [α2 IVS-1 134.-138. nt (TGAGG)] homozigot formu DNA Dizi Analizi ile belirlenmiştir. Olgunun ailesinin (12 olgu) DNA’ları Gap-PCR ve DNA Dizi Analizi ile incelendiğinde yedi olgunun 5nt delesyonunu heterozigot olarak taşıdığı, bir olgunun α-globin geninin 20.5 kb delesyonu taşıdığı ve dört olgunun herhangi bir mutasyon taşımadığı gözlenmiştir. Doğum öncesi tanı için başvuruda bulunan diğer bir ailede ise Türkiye’de ilk kez gözlenen α-globin zincirinin anormal hemoglobini olan Hb Stanleyville II’i [α78 (EF7) Asn→ Lys (AAC→AAA)] ve α globin geninde 3.7 kb’lık delesyonel mutasyonunu birlikte taşıdığı
belirlenmiştir. Ailenin on bir ferdinin DNA örnekleri Mikroarray, ARMS, RFLP, Gap-PCR
ve DNA Dizi Analizi ile mutasyon tiplendirilmesi yapıldığında iki olgunun Hb Stanleyville II mutasyonunu heterozigot olarak taşıdığı, beş olgunun 3.7 kb’lık delesyonu heterozigot olarak taşıdığı, bir olgunun β-globin geninde IVS-1-110 (G→C) mutasyonunu heterozigot olarak taşıdığı ve üç olgunun herhangi bir mutasyonu taşımadıkları gözlenmiştir.
Sonuç: Bu çalışmada Türkiye’de ilk kez gözlenen iki mutasyon tipi tanımlanmıştır.

Objective: In this study,we aimed to contribute prenatal diagnosis in the Çukurova region having high prevalence of hemoglobinopathies by implementing DNA sequencing analysis for the mutations undetectable by conventional methods.
Methods: Hematological parameters of two families applied to Cukurova University Prenatal Diagnosis Center were analyzed. Hb variants were screened by cellulose acetate electrophoresis and by HPLC. DNA samples of cases were isolated using automatic DNA extraction machine. Microarray, RFLP, ARMS and Gap-PCR molecular methodologies carried out for determinations of hemoglobin mutations. Unidentified mutations were resolved by means of DNA Sequence Analysis.
Results: We identified a previously unreported homozygous 5 nt deletional mutation [α2 IVS-1 134.-138. nt (TGAGG)] in Turkey by DNA Sequence Analysis. When we investigated 12 cases of this family by Gap-PCR and DNA Sequence Analysis it is observed that seven cases were heterozygous for 5nt deletion, a case found to be heterozygous 20.5 kb deletional mutation and four cases were found to be having no mutation. In the other family applied for prenatal diagnosis was observed to having Hb Stanleyville II [α2 78 (EF 7) Asn→ Lys (AAC→AAA)] mutation which is also a novel mutaion in Turkey. Mutations of eleven members of this family were determined by ARMS, RFLP, Gap-PCR and DNA Sequence Analysis, resulting in two cases
heterozygous Hb Stanleyville II, five cases heterozygous 3.7 kb deletion, a case with heterozygous IVS-1-110 (G→C) mutation on β globin gene and three cases do not have any mutation.
Conclusion: In this study, two types of mutations observed for the first time in Turkey have been identified.
Key Words: Alpha Thalassemia, Hb Stanleyville II, hemoglobin, 5nt Deletion.