THE MAJOR IMPACTS OF GENOMIC STRUCTURAL VARIANTS IN PLANT BREEDING


Karcı H.

7. INTERNATIONAL DİCLE SCIENTIFIC RESEARCH AND INNOVATION CONGRESS, Diyarbakır, Turkey, 26 - 27 October 2024, pp.265-268

  • Publication Type: Conference Paper / Full Text
  • City: Diyarbakır
  • Country: Turkey
  • Page Numbers: pp.265-268
  • Çukurova University Affiliated: Yes

Abstract

Yapısal varyasyonlar (SV’ler), var-yok şeklinde bulunan varyasyonlar ve kopya sayısı varyasyonlar dahil olmak üzere, bitki genomlarının ortak bir özelliğidir. Bunlar, delesyon, insersiyon, inversiyon, duplikasyon ve translokasyon gibi farklı yapıya sahip varyantlardır. SV’ler baz uzunlukları 50 bp büyük olan varyantları kapsar. Tek nükleotid polimorfizmi (SNP) ve epigenetik farklılıklarla birlikte, tür içinde ve türler arasında görülen kalıtsal fenotipik çeşitlilikten sorumludurlar. SV’lerin bitki fenotipinde nasıl bir katkıda bulunduğunu anlamak ve ümitvari çeşitler geliştirmeye yardımcı olabileceği için bitki ıslahçıları için oldukça önemlidir. İlk zamanlar sekanslama teknolojilerinde düşük çözünürlüklü ve verimsiz yöntemlere göre bitkilerdeki SV’leri tam olarak anlamak oldukça zordu. Ancak şimdi, genomik teknolojilerin hızlı gelişimiyle, SV’leri daha yüksek çözünürlük ve doğrulukla incelemek mümkün olmuştur. Kısa ve uzun yeni nesil dizilerde SV’leri tespit etmek için birçok yazılım geliştirilmiştir. Bu çalışmada da bitkilerde SV ile bağlantılı çalışmalarla ilgili mevcut durum, bitki ıslahı üzerindeki etkileri tartışılacak ve SV ile ilgili çalışmalarda ileride karşılaşılacak zorluklardan kısaca bahsedilecektir.